船舶吨税由船舶使用人(船长)或其委托的外轮代理公司为纳税人。船舶吨税分为90天期缴纳与30天期缴纳两种办法，由纳税人于申请完税时自行填报。海关根据纳税人的申报，经审核后，按其申报的缴纳用眼计征船舶吨税。
船舶吨税纳税人，在海关签发吨税缴款书之次日起7日内向指定银行缴清税款。逾期未缴纳的，则要按日征收滞纳金。纳税人缴清船舶吨税后，海关填发船舱吨税执照，交纳税人收存。
一、法定减免
1.捕捞、养殖渔船。是指在渔业船舶管理部门登记为捕捞船或者养殖船的船舶。
2.军队、武装警察部队专用的车船。是指按照规定在军队、武装警察部队车船管理部门登记，并领取军队、武警牌照的车船。
3.警用车船。是指公安机关、国家安全机关、监狱、劳动教养管理机关和人民法院、人民检察院领取警用牌照的车辆和执行警务的专用船舶。
4.依照法律规定应当予以免税的外国驻华使领馆、国际组织驻华代表机构及其有关人员的车船。
5.对节约能源、使用新能源的车船可以减征或者免征车船税;对受严重自然灾害影响纳税困难以及有其他特殊原因确需减税、免税的，可以减征或者免征车船税。
节约能源、使用新能源的车辆包括纯电动汽车、燃料电池汽车和混合动力汽车。纯电动汽车、燃料电池汽车和插电式混合动力汽车免征车船税，其他混合动力汽车按照同类车辆适用税额减半征税。
6.省、自治区、直辖市人民政府根据当地实际情况，可以对公共交通车船，农村居民拥有并主要在农村地区使用的摩托车、三轮汽车和低速载货汽车定期减征或者免征车船税。
二、特定减免
1.经批准临时入境的外国车船和香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区的车船，不征收车船税。
2.按照规定缴纳船舶吨税的机动船舶，自《车船税法》实施之日起5年内免征车船税。
3.机场、港口内部行驶或作业的车船，自《车船税法》实施之日起5年内免征车船税。